马德里国际商标注册具有省时、省力、省钱的优势，因此被称为企业在海外注册商标的“快车道”。与此同时，马德里国际商标注册也存在一定劣势。以下将针对马德里国际商标注册的主要优势及劣势进行分析，建议商标申请人根据实际情况权衡利弊，做出客观的商标注册选择。
（一）马德里国际商标注册的优势
1.手续简便
申请手续简便是马德里国际商标注册的重要优势，商标申请人仅需使用一种语言，在国内向主管机关提交一份申请书，缴纳一次费用，即可指定多个缔约国申请保护。
2.注册周期有保障
如前所述，通过马德里国际商标注册申请指定缔约方的商标保护大概需要2年的时间。如果使用单一国家注册的途径，部分国家和地区的申请注册周期可短至3-6个月，但有些可能长达数年。可见，马德里国际商标注册的时间与周期更具可预测性。
3.费用相对低廉
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，采用马德里国际商标注册的方式申请商标保护仅需缴纳一次费用，而采用单一国家注册的方式则需向不同国家逐一缴纳申请商标注册的费用。由此可见，申请的国家越多,马德里国际商标注册的价格优势越明显。
4.方便后续管理
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，可直接通过WIPO办理多个缔约方的转让、续展、注销申请，通过一次变更即可将名称/地址的变更扩展至所有缔约方。可见，相比于单一途径申请的商标，马德里国际商标的后续管理更便捷。
（二）马德里国际商标注册的劣势
1.成员国覆盖面存在缺口
目前马德里体系已覆盖130个国家，这些成员代表了世界贸易的80%，包括我国对外贸易的一些主要国家，比如美国、日本和欧盟多数成员国等。但值得注意的是，一些东南亚、非洲国家仍在该体系之外。因此，商标申请人如计划在这些国家取得商标保护，通过马德里国际商标注册的途径仍无法实现。
2.以国内注册为前提
马德里国际商标注册的申请人必须以在原属国已申请或已注册的商标为基础商标，向WIPO提起申请。换言之，马德里商标注册必须以国内商标注册或者国内商标注册申请为基础。相比之下，大多单一国家注册则没有以上限制，无论是否具有本国申请或注册都可以提交海外申请。
3.“中心打击”原则
“中心打击”原则是指，通过马德里体系注册的商标，在注册之日起五年内，无论何种原因，如果国内的商标申请没有被核准，或者国内的商标注册被撤销或被宣告无效，其效力将及于所有指定缔约方，该商标将不能再享有国际注册给予的保护。由此可见，如果发生了“中心打击”的情形，商标申请人的损失将是巨大的，如果无法保证基础注册权利的稳固，后续补救的经济成本和时间成本将远远大于马德里国际商标注册本身。实践中，这一原则隐含的风险也成为了众多具有国际商标注册需求申请人的心理障碍。
4.文件转达有风险
马德里国际注册申请的文件需经过多个组织机构、多个环节进行转达，增加了文件丢失的风险。在马德里注册申请的前期阶段，文件由原属国商标主管机关转交WIPO国际局，再由WIPO国际局转交指定缔约方；在实质审查阶段，如有驳回或者异议，相关文件由指定缔约方转交WIPO国际局，再转达给代理机构或商标申请人，容易丢失邮件而失效；在指定缔约方受到保护后，指定缔约方可能会将相关的被撤销、无效等通知直接邮寄至商标申请人，而不再通知指定的代理机构，亦容易造成文件丢失而导致原已受保护的商标失效。
5.部分国家不会单独下发注册证书
根据协定和议定书的相关规定，在国际注册进入指定缔约方审查阶段后，12或18个月内WIPO没有收到指定缔约方的驳回通知书的，指定该缔约方的申请视为核准注册。对于该类默认核准注册的申请，目前只有少部分国家单独发出注册证书或证明，大部分国家不另行通知。因此，如在这些国家行使商标注册权利，需要向指定缔约方申请注册证明文件。
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